Buenas, @Helena!
He estado haciendo pruebas y más pruebas, y creo que al final he encontrado el bug... Bueno realmente lo encontraste tú pero yo he averiguado cuando se produce 
La cosa es realmente una tonteria, pero precisamente por eso era tan difícil de encontrar.
En la segunda linea de código, donde tienes puesto
pilas=pilasengine.iniciar()
simplemente deja un espacio a cada lado del =
pilas = pilasengine.iniciar()
El no dejar esos espacios provoca comportamientos raros, como que no encuentre las rutas a los archivos, o que pilas se ejecute en una nueva ventana (fuera del intérprete) 
Voy a reportar este bug a @hugoruscitti para ver si és es capaz de averiguar por qué pasa esto.
Muchas gracias por reportar este error, y disculpa si esta tonteria te ha hecho romperte la cabeza sin entender qué pasaba.
Un saludo! 
