¡Saludos!, quería comentarles que estoy mejorando el panel de escenas de pilas, aún me quedan corregir algunos detalles antes de publicar este cambio, pero va tomando forma:
La nueva versión de pilas va a incluir este cambio y varias mejoras más, seguramente cerca del fin de semana próximo voy a publicar esta nueva versión!!
Abrazo!
Tiene muy buena pinta,animo. 
Me parece bien la posibilidad de agregar carpetas, eso ayuda a tener mejor ordenado el proyecto.
Capas te convendría que sean objetos vacíos o implementar un nuevo concepto ya que los padres en la jerarquía suelen tener por lo menos una posición en el mundo…La idea de tener un padre facilita las cosa a la hora de interactuar con hijos…En godot se suelen llamar Nodos,en unity “gameObject” entonces en pilas se llamaría…nose puede ser “pila”…igual es solamente una opinión gracias.